ImageJで細胞数（核）を数える

ImageJでDAPIやHechstなどで蛍光染色した核の数を数える方法です。きれいに染まっていればTUNELなどでもいけると思います。

1.　macro作成；下の6行を、メモ帳で書いて”CellCount”とか名前をつけて.txtで保存

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run("8-bit");
run("MultiThresholder", "Maximum Entropy");
run("MultiThresholder", "maximum");
run("MultiThresholder", "Maximum Entropy apply");
run("Invert");
run("Analyze Particles...", "size=0-Infinity circularity=0.00-1.00 show=Nothing display summarize");
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2.　ImageJでMacroの読み込み；File-Openで保存した”CellCount”を開ける
3.　File-Openで画像を選択
4.　マクロの画面”CellCount.txt”でMacros-Run Macro (Ctrl+R)

同一フォルダ内の画像を次から次へと行くには
run("Open Next");
を初めの一行目に入れる
（変更した画像の保存はNoね）

複雑な画像はNG。DAPIならOK。
複雑なものは下のmanual countでね。
"Analyze Particles..."のparameterを調節したら、もっと正確に。
やってる事は、ImageJのメニューから、各々を選んで遊んでみてちょ。

参考；
ImageJ
http://rsbweb.nih.gov/ij/

Cell Counter (Manual count)
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/cell-counter.html